Batou está decidido a probar la inocencia del coronel Soga. Este se comunica en secreto con él para organizar una operación y robar Pandora, una base de datos que incluye información sobre operaciones y secretos militares.
Para abrir la base de datos y que la verdad salga a la luz, necesitan un módulo militar y una gran capacidad de procesamiento que consiguen interviniendo el control de tráfico de la ciudad, pero en plena operación alguien se hace con el código del módulo. P
ara complicar aún más la situación, Aramaki le ordena a Kusanagi que investigue la relación entre la sincronización de un Logicoma y la intervención. ¿Cuál será el desenlace de esta enmarañada trama?